Дуденхаузен изучал медицину в Университете Йоханнеса Гутенберга в Майнце и в Свободном университете в Берлине. После сдачи государственного экзамена на звание врача в 1968 г. учился у профессора Эриха Залинга в Институте перинатальной медицины в Берлинском университете в Берлине-Нойкёльне, специализирующемся на акушерстве и перинатальной медицине. В 1974 г. получил специальность акушера гинеколога. 

До 1987 г. работал в отделении акушерства в Берлине-Нойкёльн в качестве заместителя директора профессора Эриха Залинга. 

С 1987 по 1989 г. был заместителем директора отделения акушерства в университетской больнице Цюриха / Швейцария. 

С 1989 по 2010 г. занимал пост директора и профессора кафедры акушерства Шарите — Медицинского университета Берлина. 

С 2001 по 2004 г. был деканом медицинского факультета Шарите.

С 2010 по 2011 г. был старшим научным сотрудником в отделении акушерства и гинекологии Корнеллского университета в Нью-Йорке. 

В 2011–2014 гг. работал заместителем главного врача Медицинского и исследовательского центра Сидры / Катарского фонда в Дохе / Государство Катар и профессором Медицинского колледжа Вейл Корнелл в Катаре. 

С 2015 г. является клиническим профессором кафедры акушерства и гинекологии Корнеллского университета в Нью-Йорке.

В 2017 г. получил должность декана факультета медицинских наук в Бранденбурге. 

С 1993 г. - генеральный директор Фонда детей-инвалидов.

Автор более 500 публикаций и книг, является автором учебника Praktische Geburtshilfe / «Практическое акушерство». 

Организатор нескольких национальных и международных конгрессов и встреч, например 9-го Всемирного конгресса перинатальной медицины (Берлин, 2009 г.).

Был президентом Немецкого общества перинатальной медицины и генеральным секретарем Всемирной ассоциации перинатальной медицины.

Удостоен премии «Материнство», золотой медали за развитие перинатальной медицины, медали сэра Уильяма Лайли Международного общества  «Плод как пациент», «Перинатального приза Эриха Залинга» Всемирной ассоциации по перинатальной медицине, почетной медали клиники Шарите. Является  почетным профессором нескольких университетов в разных странах мира, постоянным членом Международной академии перинатальной медицины и научным сотрудником Королевского колледжа акушеров и гинекологов.

В 2010 г. получил орден "За заслуги перед Федеративной Республикой Германия".